Les découvertes récentes le montrent, les liens entre microbiote et santé sont nombreux. Son rôle dans notre état de santé est de mieux en mieux documenté. Le microbiote intestinal est impliqué à bien des niveaux dans le fonctionnement de l’organisme, et il n’a pas encore livré tous ses secrets. Autant de raisons pour en prendre soin, en premier lieu avec une alimentation adaptée.
Qu'est-ce que le microbiote intestinal ?
Le microbiote intestinal est composé de milliards de micro-organismes, dont des bactéries, des virus, des champignons et des levures. Plus d’un millier d’espèces de micro-organismes vivent dans notre système digestif, en très grande majorité des bactéries et des levures. Ce microbiote assure de nombreuses fonctions, notamment en participant à la digestion.
Selon l’Inserm, les micro-organismes présents au niveau intestinal aident par exemple à fermenter des éléments non digestibles et à assimiler les nutriments. Les bactéries intestinales sont également impliquées dans d’autres processus métaboliques : elles produisent des vitamines indispensables à la réponse immunitaire, ainsi que des acides aminés essentiels. Elles régulent l’absorption d’acides gras et de minéraux, comme le calcium ou le magnésium. D’après les plus récentes découvertes, le microbiote intestinal jouerait un rôle important dans la santé mentale, grâce à une communication directe entre les bactéries et le cerveau, par l’intermédiaire de molécules produites dans nos intestins.
Avec les microorganismes de notre intestin, quand tout va bien, nous sommes en symbiose, dans une relation gagnant-gagnant. Cet équilibre participe à notre bon état de santé général. Il apparaît alors nécessaire d’être aux petits soins avec nos microorganismes à travers leur hôte, notre corps, pour que la symbiose soit préservée.
Car lorsque ce n’est pas le cas, nous prenons le risque d’être en dysbiose, laquelle est associée à de nombreuses pathologies : obésité, diabète de type 2, syndrome du côlon irritable, troubles du spectre autistique, anxiété, dépression, cirrhose, sclérose en plaque, allergies, maladie de Crohn. La liste est longue.
À l’inverse, la symbiose apporte également certains bienfaits « collatéraux ». Que faut-il pour être en symbiose ? La réponse est simple (ou presque) : avoir un microbiote riche, à la fois en nombre de microorganismes et en nombre d’espèces différentes, et un hôte qui apporte ce dont le microbiote a besoin pour maintenir cette diversité. Alors comment entretenir la richesse de notre microbiote ? Comment donner à notre microbiote tout ce dont il a besoin pour maintenir sa diversité ? En d’autres termes, comment prendre soin de sa symbiose ?
L'importance de l'alimentation pour le microbiote
Le microbiote intestinal se nourrit à partir de notre alimentation. La composition du microbiote intestinal est le reflet de notre alimentation. En effet, les prébiotiques sont des substances qui vont permettre aux bactéries de se nourrir et de se multiplier.
Notre microbiote est composé de microorganismes qui ne se nourrissent pas tous de la même chose. Avoir une alimentation variée, en particulier avec des fruits et légumes riches en fibres et en polyphénols, c’est assurer le maintien d’une diversité bactérienne. Les fibres, non digestibles par les enzymes humaines, les bactéries du microbiote en raffolent.
Existe-t-il une alimentation idéale pour notre symbiose ? Des études montrent que le régime méditerranéen fait office de bon candidat : riche en fruits et légumes, et donc en fibres, peu de viande rouge et une cuisine à l’huile d’olive qui apporte des acides gras de bonne qualité. Les scientifiques montrent également que le régime « fast food et aliments ultratransformés » a indirectement un effet délétère sur le microbiote.
Une alimentation diversifiée est sans conteste la clé d’un microbiote intestinal riche, avec des typologies de micro-organismes variés. Mais une bonne alimentation ne fait pas tout : sans une bonne hygiène de vie, le microbiote intestinal peut difficilement se développer et s’équilibrer. Le stress, le manque de sommeil et le manque d’activité physique peuvent déséquilibrer la flore intestinale. En effet, le microbiote est sensible à tout son environnement, et transmet de nombreuses informations au reste de l’organisme.
Ainsi, pour maintenir un microbiote intestinal en bonne santé, l’hygiène de vie dans son ensemble est importante. Une gestion saine du stress est nécessaire, tout comme de bonnes nuits de sommeil. La pratique du sport est également une clé. Les bactéries intestinales se nourrissent de ce que nous mangeons, et répondent aux changements apportés dans l’alimentation en seulement 24h.
Les éléments clés pour une alimentation bénéfique
Fibres et Prébiotiques
Les fibres sont des alliées de premiers choix pour aider à maintenir la bonne santé de votre microbiote intestinal. Les fibres alimentaires, riches en prébiotiques, sont cruciales pour la floraison des bactéries intestinales bénéfiques.
Comme le déclarait Eric Martens, chercheur à l’Université du Michigan (USA) et directeur d’un laboratoire dédié au microbiote intestinal et à la nutrition : « Les fibres sont les uniques composants de notre alimentation qui alimentent directement notre microbiote intestinal. ». Les lipides, glucides et protéines sont absorbés par l’intestin grêle durant la digestion mais seules les bactéries intestinales sont capables de digérer les fibres. Ainsi, les fibres participent directement à la bonne santé de la flore intestinale.
On retrouve les fibres dans les légumes, les légumineuses, les fruits, les fruits à coque et dans les céréales complètes. L’idéal est de consommer des fibres d’origines différentes.
Les fibres résistantes à la digestion subissent une fermentation bactérienne, générant des acides gras à chaîne courte qui nourrissent la muqueuse intestinale, renforçant ainsi la résilience du microbiote. Les bêta-glucanes, ce sont les fibres solubles de l'orge et de l'avoine.
Consommer au moins 5 à 8 grammes de prébiotiques d’origine végétale chaque jour. Cette quantité est facile à atteindre en consommant des végétaux à feuilles vertes (salade, épinards…) ou des haricots. De bonnes sources sont également les artichauts, la chicorée, les pissenlits, les oignons, les poireaux, les asperges, mais également les bananes, l’avoine et le soja.
Probiotiques et Aliments Fermentés
Une voie possible est alors d’en ingérer. C’est le principe des probiotiques. Ce sont des microorganismes vivants (bactéries ou levures) que l’on retrouve naturellement dans les produits fermentés, fromage, yaourt, choucroute crue, pain, etc.
Ils peuvent être ajoutés à certains produits alimentaires, les yaourts en tête de file, ou encore consommés en compléments alimentaires. Les probiotiques ont des bienfaits sur notre microbiote pour deux raisons. La première est qu’ils apportent naturellement des microorganismes vivants qui augmentent la diversité de notre microbiote. La seconde est que le processus de fermentation opéré par les enzymes des microorganismes apporte aux aliments des métabolites d’intérêts variés pour le microbiote et plus largement pour notre santé.
Yaourts, fromages, pain, choucroute, olives, vin, kéfir, tofu, kombucha, kimchi…, les aliments fermentés prendront-ils une plus grande place dans nos assiettes ? Le consommateur s’y met déjà : « De plus en plus de citoyens font fermenter leurs légumes eux-mêmes », mais au-delà des microtendances, Marie-Christine Champomier-Vergès, directrice de recherche à l’institut Micalis, rappelle qu’il y a un véritable enjeu à développer des aliments fermentés et à comprendre finement les rôles des ferments dans la santé de notre microbiote et de notre santé en général.
En effet, la fermentation conduit à la production de composés bioactifs, qui, associés à la présence de bactéries probiotiques dans certains de ces produits, peut leur conférer un intérêt pour la santé.
Ajouter des aliments fermentés, ou probiotiques, à votre alimentation. Des produits tels que la sauce soja, le miso, le kefir ou encore le kombucha (une boisson d’origine mongole à découvrir !) contiennent des bactéries favorables pour le microbiote.
Polyphénols et Oméga-3
Les polyphénols atteignent le côlon dans lequel ils interagissent avec le microbiote. Les bactéries intestinales les utilisent pour produire des métabolites bioactifs bénéfiques. Les métabolites modulent la composition du microbiote, favorisent la croissance des bactéries bénéfiques, et réduisent les bactéries pathogènes. Les polyphénols participent ainsi à l’équilibre du microbiote et de la santé intestinale.
Les huiles riches en oméga-3 favorisent la santé du microbiote intestinal en modifiant sa composition bactérienne. L’alimentation occidentale manque d’acides gras oméga-3, c’est pourquoi en ajouter dans son alimentation ou en complément est bénéfique pour le microbiote. Les acides gras oméga-3 sont métabolisés en acides gras à chaînes courtes qui nourrissent les bactéries et peuvent augmenter la diversité du microbiote. Cela contribue à un environnement intestinal équilibré.
Autres recommandations nutritionnelles
- Construire les repas autour d’aliments d’origine végétale : Fruits, légumes, céréales complètes.
- Essayer de consommer au minimum 50 à 55 grammes de fibres chaque jour.
Aliments à éviter pour un microbiote sain
Mieux vaut limiter les aliments et nutriments dont l’effet délétère a été démontré. Il semble que la consommation d’aliments transformés, caractérisés notamment par la présence d’additifs, ait un impact délétère sur notre microbiote intestinal. Les aliments transformés représentent environ 50 % de l’apport calorique moyen en France. Malheureusement, ces transformations réduisent les nutriments essentiels. Elles peuvent perturber l’équilibre du microbiote et favoriser la croissance de bactéries néfastes.
Les aliments transformés sont la plupart du temps pauvres en fibres, riches en sucres et/ou en graisses de mauvaise qualité. Le sucre est un des aliments les plus mauvais pour la flore intestinale. Sa consommation excessive perturbe l’équilibre du microbiote, entraînant des dysbioses et augmentant la perméabilité intestinale indispensable à l’immunité des muqueuses. En outre, les sucres favorisent la prolifération de levures comme Candida albicans, qui peuvent également provoquer une dysbiose.
L'alcool favorise la dysbiose et augmente la perméabilité intestinale. La charcuterie et les viandes rouges sont aussi mauvaises pour la flore intestinale. Leur consommation excessive est associée à la dysbiose.
Les additifs, conservateurs, émulsifiants, colorants, modificateurs de texture, etc. perturbent l'équilibre de la flore intestinale en modifiant la composition du microbiote. Ces composés favorisent la croissance des bactéries pathogènes et réduisent la production des métabolites utiles.
C’est le cas :
- des acides gras saturés, d’origine essentiellement animale : dans le beurre, la viande rouge, les fromages.
- des acides gras trans : retrouvés dans certaines viennoiseries industrielles.
- des oméga-6 (huile de tournesol ou de maïs par exemple), qui ont tendance à stimuler la prolifération de bactéries pro-inflammatoires.
- des sucres blancs et raffinés, dans les produits sucrés et ceux fabriqués à partir de farine blanche.
- des aliments ultra-transformés en général, qui contiennent souvent un cocktail des éléments cités ci-dessus.
Autres facteurs influençant le microbiote
L’installation du microbiote se fait au moment de la naissance. In utero, le bébé est dans un environnement stérile, mais dès la rupture de la poche des eaux, le corps du bébé (et pas seulement son intestin), va être colonisé par les microorganismes qu’il va rencontrer, principalement par ceux de sa mère.
« Le développement du microbiote du bébé pendant les premières années de sa vie se fait complètement en parallèle de la maturation de son système immunitaire », précise Hervé Blottière, microbiologiste à l’unité PhAN (PhysioPathologie des adaptations nutritionnelles). « Si cette maturation se fait bien, le bébé va être en symbiose entre ses cellules et ses microorganismes, mais si la symbiose est perturbée, il y a un risque de maladie infectieuse et de trouble immunitaire entraînant le développement de maladies chroniques.
Alors, comment prendre soin de sa symbiose dès la naissance ? Par l’alimentation bien sûr, en particulier avec du lait maternel qui contient lui-même un microbiote, puis avec une alimentation diversifiée. À l’inverse, la prise d’antibiotiques dans les premières années peut retarder ou modifier la maturation du microbiote et du système immunitaire par la diminution de la diversité bactérienne, la diminution des bactéries bénéfiques, voire l’augmentation des résistantes.
Parce que prendre soin de sa symbiose c’est aussi prendre soin de l’hôte… Pour éviter d’être en dysbiose, il faut alors prendre soin de sa barrière intestinale, et limiter ce qui pourrait entraîner des états inflammatoires ou du stress oxydatif, et par suite augmenter le risque de cancer colorectal.
De même, lorsque l’on est stressé ou anxieux, il y a libération dans le sang de cortisol qui a également un effet sur la perméabilité de la barrière intestinale. L’environnement dans lequel nous vivons et l’exposition à différents contaminants (dans l’air, l’eau) semblent également influer sur l’état de notre symbiose.
Les antibiotiques, tout en ciblant les agents pathogènes, peuvent aussi altérer les bactéries bénéfiques du microbiote. Plus d’un quart des médicaments non antibiotiques influenceraient le microbiote. Pour prévenir les déséquilibres, évitez l’automédication, suivez nos recommandations et consultez un professionnel de santé.
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